Markotabödöge önálló község. Győr-Moson-Sopron megye északnyugati részén a Tóközben fekszik, közel a Hansághoz. Felszínét mélyebben fekvő területek és halmok teszik változatossá.
Talaja sötét láptalaj, míg a halmokon lösszel kevert homok. A nyár többnyire száraz. Jellemző a szélgazdagság, iránya ÉNy-i. Átlagos csapadék: 592 mm.
A községet a Keszeg-ér szeli ketté, amely a Rábcába torkollik.
Közlekedését autóbuszjáratok biztosítják Győr és Csorna városokba.